提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
回家过年|一到过年娃就积食?这份攻略请收好******
新华社沈阳1月18日电(记者于也童 洪可润)每年春节期间,因积食前往儿童医院就诊的小患者都显著增加。孩子积食有哪些“蛛丝马迹”?积食了该怎么办?哪些食物可以促进消化?记者近日采访了沈阳市儿童医院中医科主任兰颖,带来一份春节期间儿童积食预防、处理的“攻略”。
中医认为,儿童积食是指孩子对某些特定食物突然摄入过多,超过了脾胃的运化能力,导致脾胃功能减弱。积食后,大一些的孩子会说自己“肚子胀”,而对于不能很好表达自己感受的孩子,家长又该如何判断孩子是否积食?兰颖介绍,家长可以观察孩子的以下几方面表现:一是是否突然厌食、容易烦躁啼哭,睡不安稳;二是孩子是否出现舌苔中间变厚的情况;三是孩子是否出现嗳气,反出酸腐的味道。“如果孩子有以上情况,那家长就要考虑孩子积食的可能性。”兰颖说。
对于积食的孩子,兰颖给出一份中医缓解积食的推拿“小妙招”,家长在家就可以帮助孩子做。“孩子胸中与肚脐连线的二分之一处,是中脘穴,家长可以用手掌根旋转按揉,每日两次;孩子足底心处是涌泉穴,家长可以用拇指压按涌泉穴,旋转按揉30-50下,每日两次。”兰颖说。
积食后,家长还可以为孩子做一些促消化的饮食。“比如我们可以将山楂、碎胡萝卜放入炖锅内,加清水煮沸,用小火煮约15分钟,最后用纱布过滤取汁食用,山楂中富含有机酸、果胶质、维生素等,与胡萝卜搭配的山楂汁可健胃消食生津。”兰颖说。
兰颖表示,避免积食,家长一定要注意让孩子饮食有节。“同一种东西过量摄入时,就超出了脾的运化能力。孩子没有成人克制力强,看到喜欢的东西会不停地吃,父母不要因为过节而放纵孩子‘吃个够’,没有规律、没有节制,反而会伤害到孩子。”
专家提示,积食不是小问题,需要时刻注意让孩子“保脾护胃”。如果孩子出现严重的呕吐、腹泻等症状,或者积食后长时间未愈,则需及时带孩子前往医院就诊。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)